Το ΠΜΣ έχει ως αντικείμενο τα Μαθηματικά και τις Εφαρμογές τους. Σκοπός του είναι η προαγωγή της γνώσης και η ανάπτυξη της έρευνας σε γνωστικές περιοχές των Μαθηματικών και των Εφαρμογών τους, όπως αυτές προσδιορίζονται από τις τρεις ειδικεύσεις του ΠΜΣ. Οι κάτοχοι του απονεμόμενου Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ) αναμένεται να έχουν υψηλή κατάρτιση στα Μαθηματικά και σε περιοχές εφαρμογών τους με δυνατότητες, αφενός, την συνέχιση των σπουδών τους με σκοπό την εκπόνηση διδακτορικής διατριβής και, αφετέρου, την απασχόληση τους σε Πανεπιστήμια και Ερευνητικά Κέντρα ως ειδικό ερευνητικό και τεχνικό προσωπικό όπως, επίσης, στην εκπαίδευση, σε δημόσιες υπηρεσίες, ιδιωτικές επιχειρήσεις και οργανισμούς. Το Τμήμα Μαθηματικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών λειτουργεί σε στενή συνεργασία με το Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας (Ι.Τ.Ε.) και άλλα αναγνωρισμένα Ερευνητικά Κέντρα. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές του Π.Μ.Σ. μπορούν να συμμετέχουν σε ερευνητικά προγράμματα του Ι.Τ.Ε. και άλλων αναγνωρισμένων Ερευνητικών Κέντρων, με στόχο την εκπαίδευση τους σε ειδικά θέματα και την πραγματοποίηση ερευνητικής εργασίας σχετιζόμενης με τη συγγραφή μεταπτυχιακής εργασίας.