Το αντικείμενο του προγράμματος είναι τα Εφαρμοσμένα και Υπολογιστικά Μαθηματικά. Σκοπός του είναι η ειδίκευση σε γνωστικές περιοχές των Εφαρμοσμένων και Υπολογιστικών Μαθηματικών, έτσι ώστε οι κάτοχοι του απονεμομένου Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ) να έχουν αυξημένα προσόντα στις επιμέρους περιοχές της ειδικεύσεως τους και, αφετέρου, να συμβάλλει στη δημιουργία «επιστημόνων ερευνητών» ικανών να συνεισφέρουν στην προώθηση της έρευνας, της τεχνολογίας και της τριτοβάθμιας εκπαίδευσης, στο πεδίο των Εφαρμοσμένων και Υπολογιστικών Μαθηματικών. Το ΠΜΣ απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ) στα «Εφαρμοσμένα και Υπολογιστικά Μαθηματικά», στις εξής ειδικεύσεις:

1. Επιστημονικοί Υπολογισμοί – Scientific Computing
2. Μοντελοποίηση και Ανάλυση στις Επιστήμες και την Τεχνολογία – Modelling and Analysis in Sciences and Technology
3. Στατιστική και Στοχαστική Ανάλυση – Statistics and Stochastic Analysis