Πρωταρχικός σκοπός του ΠΜΣ είναι η δημιουργία στελεχών με υψηλό επίπεδο κατάρτισης στο επιστημονικό πεδίο της δημόσιας υγείας, ικανών να ακολουθήσουν μια σταδιοδρομία στις υπηρεσίες υγείας της χώρας, είτε ως ιατροί δημόσιας υγείας, είτε ως στελέχη των διοικητικών υπηρεσιών του τομέα της υγείας.

Παράλληλος σκοπός του ΠΜΣ είναι η δημιουργία στελεχών που θα μπορούν να ασχοληθούν με την έρευνα και με τη διδασκαλία στο χώρο της Δημόσιας Υγείας και της Διοίκησης Υπηρεσιών Υγείας.

Συμπληρωματικά, διευκρινίζεται ότι το ΠΜΣ ΔΥΠΦΥΥΥ στόχο έχει να ανταποκριθεί στην ανάγκη για εκπαίδευση και επαγγελματική κατάρτιση στελεχών δημόσιας υγείας και διοίκησης υπηρεσιών υγείας. Καλύπτει δε, μια σημαντική αλλά και ιδιαίτερη πτυχή της ιατρικής επιστήμης στον τομέα της Προαγωγής Υγείας και του Συστήματος Υγείας.