Στα ακαδημαϊκά τμήματα του Πανεπιστημίου Κρήτης λειτουργούν εξήντα δύο (62) Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) σε επιστήμες αιχμής, που συμβάλλουν στην εξειδίκευση της γνώσης, προάγουν την έρευνα, την καινοτομία, την σύνδεση με την αγορά εργασίας και με ευέλικτες πλέον πρακτικές φοίτησης.