Το ύψος των τελών φοίτησης ορίζεται στα 2.200 ευρώ (για υπηκόους κρατών εντός Ευρωπαϊκού Οικονομικού Χώρου ( Ε.Ο.Χ.) και στα 5.000 ευρώ (για υπηκόους κρατών εκτός Ε.Ο.Χ.).

Τα τέλη φοίτησης καταβάλλονται σε 2 ισόποσες δόσεις: η πρώτη κατά την εγγραφή του/της ΜΦ στο 1ο εξάμηνο σπουδών και η δεύτερη κατά την εγγραφή του/της ΜΦ στο 3ο εξάμηνο σπουδών.

Η καταβολή των τελών φοίτησης γίνεται στον Ειδικό Λογαριασμό Κονδυλίων Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.) του ΠΚ. ο οποίος είναι αρμόδιος για τη διαχείρισή τους, και πραγματοποιείται από τον ίδιο τον φοιτητή ή από τρίτο φυσικό ή νομικό πρόσωπο για λογαριασμό του φοιτητή.

Σε περίπτωση οριστικής αποχώρησης ΜΦ από το Πρόγραμμα, δεν επιστρέφονται καταβληθέντα τέλη φοίτησης.

Στο Πρόγραμμα παρέχεται η δυνατότητα απαλλαγής από τα τέλη φοίτησης σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία.