Στόχος του ΜΔΕ είναι η εμβάθυνση σε μία ή δύο θεματικές περιοχές της Επιστήμης και Μηχανικής Υπολογιστών, ώστε οι κάτοχοι του απονεμόμενου τίτλου να έχουν αυξημένες δυνατότητες συνεισφοράς σε βιομηχανική έρευνα και σχεδιασμό προϊόντων.

Η στενή συνεργασία που έχει αναπτυχθεί ανάμεσα στο Τμήμα και το Ινστιτούτο Πληροφορικής του Ιδρύματος Έρευνας και Τεχνολογίας (ΙΤΕ) υποστηρίζει διαρκώς ένα εξαιρετικό περιβάλλον για διεξαγωγή έρευνας και μεταπτυχιακής εκπαίδευσης, και συμβάλλει στην προσέλκυση πόρων και ανθρώπινου δυναμικού, ενώ ταυτόχρονα προωθεί την από κοινού συμμετοχή σε διεθνείς δραστηριότητες εκπαίδευσης και έρευνας, και τη διατήρηση ενός μεγάλου εύρους διεθνών συνεργατών σε ακαδημαϊκό και βιομηχανικό επίπεδο.

Όλη αυτή η προσπάθεια ενισχύεται σε μεταπτυχιακό επίπεδο, από υποτροφίες που χορηγούνται από το Πανεπιστήμιο, το ΙΤΕ καθώς και από άλλους οργανισμούς.