Αντικείμενο του Π.Μ.Σ. είναι η παροχή υψηλού επιπέδου μεταπτυχιακής εκπαίδευσης στη Βιοπληροφορική. Πρωταρχικός σκοπός του ΠΜΣ είναι η δημιουργία στελεχών με υψηλό επίπεδο κατάρτισης στο επιστημονικό πεδίο της Βιοπληροφορικής. Συγκεκριμένα το ΠΜΣ θα προετοιμάζει τους φοιτητές και θα τους παρέχει εμπειρία και τεχνογνωσία είτε να ακολουθήσουν μια σταδιοδρομία στον ιδιωτικό τομέα, σε εργαστήρια που χρειάζονται άτομα με γνώσεις Βιοπληροφορικής για ανάλυση μεγάλου όγκου Βιοϊατρικών δεδομένων, είτε στη δημιουργία στελεχών που θα μπορούν να ασχοληθούν με την έρευνα και με τη διδασκαλία στο χώρο της Βιοπληροφορικής στον ακαδημαϊκό/ερευνητικό τομέα και στην απόκτηση διδακτορικού διπλώματος